сейчас я запускаю скрипты я запускаю так:

Заливаю файлик в папку cgi-bin на хосте. выставляю права на доступ 755

через браузер запрашиваю www.mydomen/cgi-bin/script.py - работает!

но если я хочу написать весь сайт на Пайтоне. как мне запускать скрипты при запросе индаксной страницы!

А чего никто не ответил? 

Для выполнения этих задач был разработан Web Server Gateway Interface — WSGI — стандарт взаимодействия Python программ и веб-сервра. Например, одна из реализаций https://uwsgi-docs.readthedocs.io/en/latest/

Ставим 



Создаем файл test.py:


Запускаем uWSGI:


Теперь остается настроить веб-сервер, чтобы он перенаправлял свои запросы к localhost:8000 .

Далее, надо сказать веб серверу, чтобы статические файлы он  брал из кокретной папки

Ну и на последок, в test.py мы можем импортировать другие python файлы, а так же разбирать url для выдачи определенного контента.

Ну а по хорошему, лучше взять фреймоворк, который будет делать много вещей, нужных для веба, типа разбора url, следования модели программирования и т.д. Настроить их связку легко - полно статей в инете, например https://habrahabr.ru/post/226419/