Модераторы: maxim1000
  

Поиск:

Ответ в темуСоздание новой темы Создание опроса
> связи в молекуле ("дерево с кольцами"), молекулярный редактор 
:(
    Опции темы
BenGan
Дата 31.7.2018, 13:48 (ссылка) | (нет голосов) Загрузка ... Загрузка ... Быстрая цитата Цитата


Новичок



Профиль
Группа: Участник
Сообщений: 16
Регистрация: 31.10.2011

Репутация: нет
Всего: нет



Всем привет!
Никому не попадалось описание алгоритмов, анализирующих древовидные структуры с кольцами?

При редактировании пространственной структуры молекулы нужно удлинить связь, или изменить угол между связями, при этом повернуться должен не один атом, а весь фрагмент, который с ним связан. Важно, что в структуре фрагмента могут быть кольца. Связи описаны в матрице связей, нужно как-то находить фрагмент который должен развернуться или отодвинуться.

Прежде чем начинать изобретать "велосипед", хотелось бы почитать что-то по близкой теме. Пока, ничего похожего не нашел. 
PM MAIL   Вверх
Akina
Дата 31.7.2018, 14:38 (ссылка) | (нет голосов) Загрузка ... Загрузка ... Быстрая цитата Цитата


Советчик
****


Профиль
Группа: Модератор
Сообщений: 20342
Регистрация: 8.4.2004
Где: Зеленоград

Репутация: 20
Всего: 446



Цитата(BenGan @  31.7.2018,  14:48 Найти цитируемый пост)
древовидные структуры с кольцами

Не бывает. Дерево по определению никаких колец содержать не может.

Дерево - это ориентированный граф, который при ослаблении становится связным ациклическим. В другой интерпретации - это просто связный ациклический граф. Но как ни крути, а циклов в нём нема...


--------------------
 О(б)суждение моих действий - в соответствующей теме, пожалуйста. Или в РМ. И высшая инстанция - Администрация форума.

PM MAIL WWW ICQ Jabber   Вверх
BenGan
Дата 1.8.2018, 08:54 (ссылка) | (нет голосов) Загрузка ... Загрузка ... Быстрая цитата Цитата


Новичок



Профиль
Группа: Участник
Сообщений: 16
Регистрация: 31.10.2011

Репутация: нет
Всего: нет



Цитата

Не бывает. Дерево по определению никаких колец содержать не может.


Хорошо, не дерево, тогда, как правильно назвать мой объект алгоритмизации - "растение с кольцами" smile ???

Это сообщение отредактировал(а) BenGan - 1.8.2018, 08:57
PM MAIL   Вверх
Akina
Дата 1.8.2018, 12:51 (ссылка) | (нет голосов) Загрузка ... Загрузка ... Быстрая цитата Цитата


Советчик
****


Профиль
Группа: Модератор
Сообщений: 20342
Регистрация: 8.4.2004
Где: Зеленоград

Репутация: 20
Всего: 446



Цитата(BenGan @  1.8.2018,  09:54 Найти цитируемый пост)
как правильно назвать мой объект алгоритмизации

Граф. Связный граф. Возможно, циклический.
Однако тебе-то нужна аналитика в трёхмерном пространстве, что да-а-алеко выскакивает за пределы графов вообще. У тебя ведь даже кольца, буде есть - и те ни разу не плоские. И связи у каждого атома располагаются не абы как, а в строго определённых направлениях, а стоит углы меж ними поменять - пошли напряжения... и с другими атомами они взаимодействуют - притягиваются, отталкиваются. Молекулярное моделирование, одним словом... и моделька там ни разу не простая получается.


--------------------
 О(б)суждение моих действий - в соответствующей теме, пожалуйста. Или в РМ. И высшая инстанция - Администрация форума.

PM MAIL WWW ICQ Jabber   Вверх
BenGan
Дата 1.8.2018, 13:06 (ссылка) | (нет голосов) Загрузка ... Загрузка ... Быстрая цитата Цитата


Новичок



Профиль
Группа: Участник
Сообщений: 16
Регистрация: 31.10.2011

Репутация: нет
Всего: нет



Спасибо, действительно - граф.

Молекулярная механика уже есть, все взаимодействует и летает в 3D и даже вода кристаллизуется. Для тех, кто в теме, пользуюсь моделью Стилленджера (потенциал ST3). Остался интерактивный редактор структуры.  На сегодня, структура описана в виде массива координат атомов, зарядов, потенциалов взаимодействия, хранящихся в текстовом файле. 
PM MAIL   Вверх
Google
  Дата 17.8.2018, 19:58 (ссылка)  





  Вверх
  
Ответ в темуСоздание новой темы Создание опроса
Правила форума "Алгоритмы"

maxim1000

Форум "Алгоритмы" предназначен для обсуждения вопросов, связанных только с алгоритмами и структурами данных, без привязки к конкретному языку программирования и/или программному продукту.


Если Вам понравилась атмосфера форума, заходите к нам чаще! С уважением, maxim1000.

 
1 Пользователей читают эту тему (1 Гостей и 0 Скрытых Пользователей)
0 Пользователей:
« Предыдущая тема | Алгоритмы | Следующая тема »


 




[ Время генерации скрипта: 0.0675 ]   [ Использовано запросов: 20 ]   [ GZIP включён ]


Реклама на сайте     Информационное спонсорство

 
По вопросам размещения рекламы пишите на vladimir(sobaka)vingrad.ru
Отказ от ответственности     Powered by Invision Power Board(R) 1.3 © 2003  IPS, Inc.