Хочу сделать шаблон IPB, с красивай шапкой(как на основном сайте), но проблема в том что IPB блокирует php в этой шапке. Посмотрел исходный код страницы и увидел свои php-скрипты в виде текста. Но на самой странице в этих местах пусто. Как можно включить php?

Что мешает использовать HTML в шаблоне ? Какие скрипты ты хотел включить в шапку  я не понял

скрипт в тэгах <?php ?>

Напишите пример скрипта.

Есть специальные теги для этого: <!--exec.url--> и <!--exec.file-->. Прочитать по теме можно, например, тут.