джаваскриптом и тд, определить, что запуск яндекса произошел из определенного броузера
кикие существуют фичи для определения уникального пользователя, которые трудно подделать программно?

поделать можно всё. определение уникальности делается за счет javascript - но не того javascript который используется на сайте а того что находится в вашем браузее. он запускается и находится внутри webkit, именно с него метрика (яндекс) и аналистикс(гугл) снимают данные, оттуда же они берут данные и о поведении пользователя, нажатии клавишь, движениях мыши. 

чтобы подделать эти действия нужно управлять webkit

один из инструментов подходящий для этого - selenium