Есть домен который назначен приоритетным, например aaa.ru . Для него создан алиас www.aaa.ru Почему то при адресации на домен происходит переадресация на поддомен www. Плюс к этомк задержка, секунд в 5-6, и это касается только самого домена. Все поддомены, и другие домены отрабатывают корректно. 
Никаких редиректов не настраивал, .htaccess отсутствует.

Посмотрите заголовки ответа сервера с помощью какого-нибудь онлайн-сервиса. Есть ли там перенаправление?

На чём работает сайт? Может так ведут себя скрипты / CMS?

Кроме .htaccess есть httpd.conf, если сервер - Apache.

Уже разобрался. Было изначально неверно прописано на днс сервере, а после исправления уже было закешировано перенаправление браузером(не вникал как это происходило, даже не знал что такое возможно).