Мне кажется, наша Вика не шибко красиво выглядит.

Во-первых, мне не нравится эта вечно-зелёная цветовая гамма и шрифт.

Посмотрите, как оформлены ru.wikipedia.org, nemerle.org. Разве так не лучше?

Во-вторых, мне кажется, что боковушка должна быть слева, а не справа. Сравните, например, эти страницы:

http://ru.wikipedia.org/wiki/VB.NET
http://wiki.vingrad.ru/VB.Net

Вторая гораздо хуже выглядит, хотя контент практически ничем не отличается.

В-третьих, нужно использовать цветовое выделение и группировку ссылок в div'ы вместо заголовков (на главной странице). Сравните:

http://ru.wikipedia.org/wiki/Заглавная_страница
http://wiki.vingrad.ru/Заглавная_страница

Какая выглядит приятнее на глаз? Например, можно было бы так же группировать в разные по цвету "коробочки" языки программирования. языки разметки и т.д.

Во-первых, без проблем. Напиши свой файл стилей и пользуйся на здоровье. Можешь даже поделиться, чтобы общественность  оценила. 
Во-вторых, когда кажется - крестись.  И опять же, это легко поправляется стилями.
В-третьих, почему это нужно? Где это сказано?

То, что это вики, еще не значит, что она должна быть клоном Википедии. Лично я считаю, что оригинальность вида - это очень полезно для любого ресурса.
Очень хорошо, что это не википедия. Хотя, согласен - шкура не идеальна. Да и не совсем оригинальна. Это переделанная шкура DevMO. Лично мне она нравится гораздо больше, чем Monobook.

Кстати, можешь пользоваться монобуком, но предупреждаю - там не все так хорошо, особенно с расширениями.

Я не говорю, что нам нужен клон  . Я говорю, что страница должна быть более красиво оформлена, а не так скудно, как сейчас  . А где, кстати, взять этот файл стиля на эксперименты?