Я имею ввиду не контент, а сам сайт - скрипты и т.д. для того чтобы сделать копию моего сайта.
Я понимаю, что защитить свой сайт на 99% невозможно, но что-то сделать думаю можно.
Думаю сделать обфускацию всех php/java скриптов, но поможет ли это? И как Вы защищаете свой сайт?

так скрипты (php) никто не скачает, апач отдаст только готовые html страницы.

Добавлено через 1 минуту и 20 секунд
а если представить на минуту, что даже злоумышленник и скачает исходники сайта, то что такого уникального  или военного ты такого там написал?

php вообще не отдаётся клиенту и скачать его можно только в админке (ftp?). А java-скрипты - это и есть контент, они исполняются в браузере и должны быть скачаны просто для того, чтоб работать. Без скачивания они не имеют смысла. Так что защищай админку, или вообще поставь сайт на собственный физический сервер в собственном помещении и ограничь к нему физический доступ, а в сеть выдай только 80-й порт без какаих либо административных инструментов.