Какие ссылки с сайта не стоит индексировать?
В данный момент ходит сомнения стоит ли индексировать ссылки на фаилы которые у меня есть на сайте

Сейчас Яндекс старается делать так чтобы вес всё равно терялся. Ставится ли на ссылке nofollow или нет. Без разницы.
Вот такая тенденция.
Так что по большому счёту - не важно. 
Какие могут быть мелкие выгоды, если индексировать или, наоборот, нет, - не знаю.

Не совсем понятно какие ссылки вы имеете ввиду. Если это ссылки на файлы, которые имеются на вашем сервере, то их можно легко закрыть в robots.txt, если это исходящие на различные файлообменники, то конечно можете ставить nofollow.

Главное, не ссылайтесь на плохие сайты, желательно, ссылаться на авторитетные и тематические ресурсы.

Вопрос к товарищам: Как бороться со спамными ссылками? Понятно что наращивать и наращивать массу... Есть еще какие либо конкретные действия что выйти из под них. В Гугле нашел инструмент отклонение, в Бинге он встроенный. Написал но очень все медленно.

С уважением