Может быть масса различных причин: от самых банальных до тяжелых. Маловероятно что врет отчет. Необходимо проследить проблемные товары. Во-первых - проследить его движение по партиям, во-вторых просмотреть периодические реквизиты этого товара (часто пользователи обнаружив ошибку, исправляют её текущей датой, а запись на предыдущих остается, из-за этого отчет запросив данные за период даст некорректный (читай ошибочный) результат).
Если же сбой в партиях тут необходимо разбираться отдельно - тоже нередки ошибки пользователей (самое страшное когда меняют вид партионного учета и разрешают отрицательные остатки...

А может у кого-нибудь есть обработки переноса начислений для расчета больничных (или каких-нибудь других данных)из Камина в Бухгалтерию, а потом из Бухгалтерии в Зарплаты и Кадры?