wait() - заставляет текущий поток ждать, пока его разбудят через notify() или пока не пройдет заданный интервал времени
notify() - будит тот поток, который ранее вызвал wait() на данном объекте.
Это надо читать про многопоточное программирование. К сожалению мануала кинуть не могу, т.к. есть бумажные книги
Почему они есть у каждого объекта, потому что эти методы определены у Object. Зачем именно так сделали, видимо для удобства. Чтобы для целей синхронизации можно было использовать любой объект.
Но это мои личные догадки, правду уже не помню.