| Версия для печати темы
Нажмите сюда для просмотра этой темы в оригинальном формате |
| Форум программистов > Алгоритмы > библиотеки для матричных вычислений |
| Автор: mrgloom 14.11.2012, 13:43 | ||
| Суть такова, что мне надо делать PCA для данных которые не влезают в память. собсвенно получается, что либо нужна функция которая находит собсвенные векторы собсвенные значения не загружая всё в память. либо аналогичная реализация SVD.(т.к. вроде есть реализация PCA через SVD). попробовал библиотеку http://arma.sourceforge.net по дефолту используется blas lapack, но может подключать еще и другие например Intel MKL и еще какие то. ну на тесте
всё благополучно упало, ссылаясь на нехватку памяти. вообщем существуют ли в природе такие библиотеки? |
| Автор: W4FhLF 14.11.2012, 19:44 |
| 1. Какая размерность данных? 2. Нужны все компоненты или только доминантные? |
| Автор: Pavia 14.11.2012, 20:16 |
| W4FhLF, Нужна не просто библиотека. А что-бы там была защита от дурака. (mrgloom, без обид) А тоже бывает задашь параметр 10 000, а прога рассчитана на 10. Конечно можно использовать жёсткий диск, но время расчёта может оказаться очень долгим. Нужно чтобы библиотека говорила столько памяти будет использовано и сколько времени будет считаться. Добавлено через 5 минут и 25 секунд mrgloom, eig_gen более 100 не потянет по точности. |
| Автор: mrgloom 15.11.2012, 10:30 |
| размерность допустим 100,000 х 1,000 , но вопрос даже не в этом, а в том чтобы например программа работала на компьютере с 1Гб оперативной памяти. почему падает Armadillo? возможно потому что ХР х32 или потому что не умеет использовать файл подкачки? eig_gen вроде как выводит еще для подсчитанных значений погрешности при выводе в консоль? Если не удастся подобрать алгоритм, то хорошо бы повесить всё это на систему распределения памяти в винде, матлаб написал вроде out of memory, но видимо ему надо поставить своп на диске побольше, вообщем еще попробую. теперь про алгоритмическую часть: Из ответа я так понял, что если сэмплов много, а размерность относительно малая, то это не проблема? cov в матлабе не справится, надо самому переписывать? про iterative PCA уже слышал, мне как раз надо первые k максимальных собственных значений, только тут непонятен вопрос с точностью, т.е. будет ли давать такой же ответ как обычный алгоритм. |
| Автор: Pavia 15.11.2012, 11:00 | ||||||
mrgloom,
400 МБайт или 800 МБайт в зависимости от типа 1600 МБайт 3200МБайт. XP может выделить непрерывный кусок 500МБайт максимум 1500МБайт. Вот оно и падает.
Да матрицу ковариации считаешь она будет MxM где M размерность. N число сэмплов не участвует.
Для поиска k максимальных собственных значений есть свои алгортмы. Про точность непомню. |
| Автор: W4FhLF 15.11.2012, 11:07 | ||||||
То есть 100000 реализаций в пространстве размерностью 1000?
Если семплов 100000, а размерность 1000, то для рассчёта ков. матрицы и последующего ортогонального базиса потребуется ~3*1000^2 * 8 = 24 мегабайт памяти.
От спектра матрицы зависит. В подавляющем большинстве задач точности этой достаточно. Добавлено через 9 минут и 22 секунды При этом т.н. накопительный алгоритм рассчёта ков. матрицы позволяет добавлять новые реализации и обновлять ков. матрицу без пересчёта с нуля. Для этого достаточно хранить накопленные суммы. Если дин. диапазон значений большой, то данные можно центрировать и нормировать. |
| Автор: mrgloom 8.11.2013, 12:47 | ||
Написал блочное перемножение для больших матриц на питоне, которое не требует много RAM,используя hdf5, единственное непонятно как его оптимизировать под конкретный компьютер и будет ли это работать лучше чем тот же своп системы(но во всяком случае более контролируемо и прозрачно), в питоне например используя numpy.memmap были проблемы(и вообще получается это более ограниченнывй подход завязанный на систему), а как работает матлаб со свопом надо еще протестировать.
|