1. Обфускация всего кода.
2. Раздавать софт с ограничением на IP/домен.
Вести своеобразную онлайн базу клиентов, у них будут свои уникальные ID,к которым привязаны привязаны айпишники или домены их(откуда клиенты обычно запускают скрипты свои). При первом запуске скрипта он получает ту требуемую функцию и параметры(один из них параметр морфинга), если для ID сопоставлен IP адрес, с которого запущен скрипт.ID гденить спрятан глубоко и собирается из кусков из разных файлов, специальной функцией. 2 раза в неделю например снова проходит проверка ID и скачивается какой-то параметр для морфа функции получения ID из кусочков при этом вначале эта функция удаляет все части ID из файлов, затем разбивает ID на другие части и по другому записывает в файлы.
Параметр морфа можно тоже сохранять где-нибудь в хитром месте.
Другая функция(необходимая для работы скрипта у клиента) скачивается и записывается на диск в виде зашифрованного неприметного файла. При последующих запусках просто проверяет существует ли этот файл. Но фишка в этой функции она сверяет ID вшитое в скрипт со своим внутренним идентификатором каким-нить хитрым алгоритмом.
Хотя бы так, не знаю насколько сложна в обходе эта защита.
Ну кроме зенда еще есть http://www.ioncube.com/faq.php, правда, говорят, ломается проще Zend'a
Добавлено через 2 минуты и 39 секунд
Кстати можно скрывать php код в картинках еще, чтоб не догадались. Правда процедура вытаскивания кода из картинки все равно будет видна после приведения исходного кода в нормальный вид из обфускации.
