Если бы не апач, я бы сделал через .net remoting )
Если апач, то нужно узнать какие у сервера есть методы для принятия файлов, если апач - это условие конфигурации, то нужно продумать приложение, которое будет запускаться апачем и принимать файлы, а затем писать в базу что нужно.
Под апачем мона запустить любое приложение, на пхп, джаве и тд. А с .net просто сформировать правильный запрос к апачевскому приложению и передать массив байтов ему. А апачевское приложение уже все выполнит на стороне сервера.
Если апач уже научился поднимать .нет (или давно умел) то решение задачи не меняется
На май скл в .нет есть адаптер специальный. Если вдруг