Можно попробовать сделать union, а в нем соответственно
unsigned char mas_char [512];
unsigned int mas_int [128];
unsigned short mas_short [256];
потом скопировать туда исходную последовательность, в другой проверяемую.
затем, если размер сверяемой последовательности >8, то сравнивать src.mas_char[0] и dst.mas_char[0]
если >16, то mas_short, если >32 то mas_int.
Тогда в основном будет использоваться не побитовое сравнение, а аппаратно сразу байт, слово и т.д.
Этим сразу будут отсекаться большое кол-во последовательностей. Ну а если совпало, а размеры последовательностей не кратны 8, то остальное сравнивать сдвигами.
Т.е. например размер 106 бит, тогда можно сравнивать как
mas_int[0],mas_int[1], mas_int[2] - это 96 байт, + mas_char[12] уже всего сравнили 104 бита и останется сдвигами только 2 бита сравнить.
Немного сумбурно, но может поможет
