Пока просто на jToolBar навставляли jButton с названиями окон, и сделали чтобы эти кнопки становились видимыми при открытии окна и не видимыми при закрытии.
Понятно что это не самый верный способ, уже окон столько что кнопки не помещаются на бар.Кто-то может пояснить / разъяснить / подсказать как это можно по нормальному реализовать. Поискал по форумам по разным запросам, много всего но что именно взять, что лучше подойдёт к поставленной задаче пока не осознал.
Уточню что используется jDesktopPane в ней живут окна jInternalFrame (раньше были и другие панели например jFrame, теперь остались в основном jInternalFrame).
После чтения нескольких тем на форумах появилась мысль использовать табы положить на jDesktopPane jTabbedPane в tabPlasement поставить BOTTOM чтобы вкладки были снизу и чтобы когда было много вкладок они не становились в несколько рядов а появлялась прокрутка в tabLayoutPolicy - SCROLL_TAB_LAYOUT (ну в визуальном редакторе NetBeans такие настройки) и при открытии окна jInternalFrame создавать новую вкладку, только получится что если так делать нужно будет на заднем плане для каждого окна образовывать панель jPanel которая будет связана с открытым окном, похоже лишние слои получаться ... хотя может и можно сделать чтобы открывающиеся jInternalFrame были панелями для jTabbedPane. В общем как сделать правильно пока не понял, подскажите кто-нибудь.