Но проходить можно по-разному. Какой вариант лучше будет во многом зависеть от используемого языка и даже его реализации.
1. Можно тупо сравнивать символы. Тогда придется сравнивать 8-битные буквы. Это не так глупо, так как в большинстве языков сравнение символов уже оптимизировано.
2. Поскольку символов всего 6, 8-битного представления не нужно. Достаточно 3-битного. Если можно написать оптимизированную процедуру сравнения 3-битных символов, скорее всего будет быстрее.
3. Перевести обе строки в биты и сравнивать побитно. Опять же, при прочих равных, такое сравнение будет наиболее быстрым. Однако, в этом случае надо будет учесть-отбросить редкие случаисовпадения со сдвигом; т.е. случаи когда битовая последовательность совпала, но не с начала буквы, а откуда-то с середины. Впрочем, даже простая проверка в символьной форме много времени на займет по сравнению со временем прохода.
______________
Теперь, если частотность букв не одинакова. Например, есть у нас в подстроке Ъ - редко встречающийся символ. Тогда быстрее всего будет искать в строке этот символ, а потом просто сравнивать "хвосты" в обе стороны.
Эту идею можно развить и дальше. Искать самый редкий символ, потом смотреть есть ли на должном расстоянии от него второй по невстречаемости и так далее. Но большой ли это даст выигрыш - не скажу сразу.
______________
Если я недостаточно подробно расписал - требуйте пояснений
