| Версия для печати темы
Нажмите сюда для просмотра этой темы в оригинальном формате |
| Форум программистов > Алгоритмы > связи в молекуле ("дерево с кольцами") |
| Автор: BenGan 31.7.2018, 13:48 |
| Всем привет! Никому не попадалось описание алгоритмов, анализирующих древовидные структуры с кольцами? При редактировании пространственной структуры молекулы нужно удлинить связь, или изменить угол между связями, при этом повернуться должен не один атом, а весь фрагмент, который с ним связан. Важно, что в структуре фрагмента могут быть кольца. Связи описаны в матрице связей, нужно как-то находить фрагмент который должен развернуться или отодвинуться. Прежде чем начинать изобретать "велосипед", хотелось бы почитать что-то по близкой теме. Пока, ничего похожего не нашел. |
| Автор: Akina 31.7.2018, 14:38 | ||
Не бывает. Дерево по определению никаких колец содержать не может. Дерево - это ориентированный граф, который при ослаблении становится связным ациклическим. В другой интерпретации - это просто связный ациклический граф. Но как ни крути, а циклов в нём нема... |
| Автор: BenGan 1.8.2018, 08:54 | ||
Хорошо, не дерево, тогда, как правильно назвать мой объект алгоритмизации - "растение с кольцами"  ??? |
| Автор: Akina 1.8.2018, 12:51 | ||
Граф. Связный граф. Возможно, циклический. Однако тебе-то нужна аналитика в трёхмерном пространстве, что да-а-алеко выскакивает за пределы графов вообще. У тебя ведь даже кольца, буде есть - и те ни разу не плоские. И связи у каждого атома располагаются не абы как, а в строго определённых направлениях, а стоит углы меж ними поменять - пошли напряжения... и с другими атомами они взаимодействуют - притягиваются, отталкиваются. Молекулярное моделирование, одним словом... и моделька там ни разу не простая получается. |
| Автор: BenGan 1.8.2018, 13:06 |
| Спасибо, действительно - граф. Молекулярная механика уже есть, все взаимодействует и летает в 3D и даже вода кристаллизуется. Для тех, кто в теме, пользуюсь моделью Стилленджера (потенциал ST3). Остался интерактивный редактор структуры. На сегодня, структура описана в виде массива координат атомов, зарядов, потенциалов взаимодействия, хранящихся в текстовом файле. |
