Не знаю деталей работы менеджера пакетов в дебиане и производных, но в принципе одной из задач любого менеджера пакетов является как раз предотвращения замусоривания системы. Т.е. при установке/создании пакета создаётся список всех устанавливаемых файлов (если хочется, можно (по крайней мере в gentoo) посмотреть какой файл принадлежит какому пакету), а при деинсталляции все они удаляются.
Исключением являются обычно- Конфигурационные файлы в /etc и ~/.* (и /root/.*) (как уже было сказано), т.к. они изменяются юзером
- Ядра в /boot, модули в /lib/modules, т.к. они могут быть прописаны в конфиг загрузчика руками
- Файлы загрузчика в /boot и всякие memtest-ы тоже удалять не стоит
- /var, файлы в нём создаются во время работы софта, там обычно хранятся mysql DB, SVN repositories итд.
- /tmp вообще никого не волнует, файлы в нём вполне могут удалятся при запуске
- В /vat/tmp пишут временные файлы, которые имеет смысл сохранять между запусками
- Логи в /var/log
- Любые файлы, созданные во время работы программы (не забываем, что нужны права рута чтобы писать скажем в /usr)
Все эти файлы (кроме последнего пункта) в принципе не мешают, ну разве что могут быть очень уж устаревшими для новой версии.
Единственное, что может остатся и действительно мешать, это файлы, созданные после установки софта самим пользователем или кривым софтом. Обычно это программы или очень старые, или очень новые, или "proprietary" (помнится какая-то игра качала себе обновления в /usr  ).
Так что если пользоваться стандартными средствами установки и не ставить "левые" программы (и особенно не компилировать их самому в обход менеджера пакетов), то ничего не будет.
Я например в начале понаустанавливал каких-то программ, чего-то там менял, потом со временем стал замечать какие-то огрехи, битые ссылки в системе, и в конце концов переустановил всё заново. После этого только обновлялся года 2 пока не отформатировал себе случайно /  За это время я и альфа версии пробовал, и всякие нестабильные ветки и ничего (правда у меня gentoo) 
Цитата(Void @ 9.1.2009, 13:41  ) | | Можно хранить /etc в системе контроля версий, например, в git (см. etckeeper) и всегда иметь возможность посмотреть, что и когда поменялось. |
Да, вот я так делаю, /etc и ~ Правда мне больше для сохранения моих изменений надо, при обновлении portage сама дифф конфигов в /etc кажет, и даёт возможность смержить изменения.
| Цитата(mihanik @ 9.1.2009, 13:51 ) | но я не уверен, что удалил это приложение полностью.
Вдруг "хвосты" остались? |
Это ГУИ - всего лишь другой интерфейс к пакетному менеджеру. Если ставил через менеджер, он удалит всё что нужно (если не удалит - это баг  )
| Цитата(Lazin @ 9.1.2009, 16:15 ) | | насколько я знаю в Gentoo такой проблемы нет, но и дистр этот слишком уж сложный |
Угу Да не сказал бы  |
