Во-первых, MS настоятельно не рекомендует использовать из-под веб-а Office Automation. Если можно без этого обойтись - лучше обойтись.
Во-вторых, приведи минимальный код, на котором репродьюсится твоя ошибка.
В-третьих, есть такая "особенность" при работе с excel automation из-под ASPNET-а: насчёт завершения приложения. Классических workbook.Close, application.Quit здесь не хватит. Необходимо вызывать Marshal.ReleaseComObject для всех используемых экселевских объектов. Как следствие - писать что-то типа worksheet.Sheets[1] вообще нельзя. Вначале надо сохранить референс на коллекцию воркшитов, потом получить воркшит. Ну и в конце явно зарелизить оба. Ну, само собой можно написать хелпер, удобно собирающий все эти ссылки (насколько это возможно) и релизищий их по явному вызову (ну и IDisposable для удобства можно реализовать).
В-четвёртых, не надо забывать об имперсонейте веб-сайта. Быть может, можно сделать-таки ASPNET-а более-менее полноценным юзером (в плане Office Automation), но.. вообщем в своём время это сделать не удалось. Впрочем, для экселя (если, конечно, нет внедрённых OLE-объектов) вполне хватит прошлого совета.
