1. http://easyelectronics.ru/avr-shag-pervyj-programmator.html - один из самых простых программаторов, для первого времени вполне достаточно. Правда надо быть с ним поаккуратней.
2. http://www.fischl.de/usbasp/ - посложнее, но по практичней. Правда для того, что бы запрогроммировать этот программатор, нужен другой программатор
Для этого может сгодится и программатор Громова.3. Ещё куча всего, достаточно набрать в гугле "программатор AVR". Попадаются порой удивительные вещи. Например http://easyelectronics.ru/skorostnoj-avr-usb-programmator-na-ft232rl-bez-vspomogatelnogo-kontrollera.html.
Программа для прошивания - http://ru.wikipedia.org/wiki/PonyProg или http://ru.wikipedia.org/wiki/Avrdude. К последней программе есть несколько GUI оболочек, к тому же она входит в состав WinAVR.
На первое время хватит. Когда наступит желание проводит отладку прямо на кристалле, можно пойти в гугл с http://www.google.ru/search?hl=ru&newwindow=1&q=avr+jtag&aq=f&aqi=&aql=&oq= запросом. Но вообще у каждой фирменной приблуды есть народные клоны. Ну например довольно популярный клон http://www.scienceprog.com/build-your-own-avr-jtagice-clone/.
Но если хочется поиграть с фирменными приблудами, то пожалуй наилучшим вариантом является http://www.atmel.com/dyn/products/tools_card.asp?tool_id=3891&source=redirect. Его стоимость где-то в районе 2,5к рублей. Правда в первых версиях платы был досадный косяк по питанию. Тем не менее он http://www.efo.ru/doc/Atmel/pdf/ATAVRDRAGON_users_guide.pdf.
В общем смотрите сами - по своим потребностям и возможностям
И на будущее - при создании темы указывайте целевую платформу, а то только по упоминанию stk500 можно судить, что речь идёт в контексте avr.