С установкой одного конкретного курсора все более менее понятно SetSystemCursor, вернуть на родину не получается программно.
Далее это один курсор, а в целевом софте я так понимаю что все курсоры меняются на собственный, либо как то динамически отображается вместо любого курсора собственный.
По подсветке интересно узнать что проще и оптимальней, рисовать прямоугольник по контуру контрола(окна) по курсором либо менять стиль или бордер окна(контрола).
Слежение за текущей позицией курсора и получения информации об окне осуществляется через перехват.
мсдн читал, но видно не очень внимательно
кидайте линками и может быть примерами если не лениво будет написать
жду ваших рекомендаций по указанным вопросам, если есть уточняющие вопросы, задавайте, с удовольствием отвечу.