как минимум PHP умеет делать prepare (см. mysqli). PHP обращается к соответствующей библиотеке C.
работа в C происходит на достаточно низком уровне (ниже уровня SQL запросов)

спорить на эту тему далее не буду. хотите убедиться - смотрите исходники

Добавлено через 8 минут и 38 секунд
в файле исходника mysqli_api.c ищите по mysqli_prepare