Установил на хостинг tomcat 8. Система Ubuntu 16.04. Открыл сайт, всё работает. Задеплоил свой проект - открылся. И вот тут возникла проблема. На данный моменты мой проект открывается по ссылке: localhost:8080/MySite/. Все ссылки которые я делал в проекте начинаются с /, к примеру ссылка на админку /admin. И при переходе в админку получаю ошибку 404, при этом url получается такой: localhost:8080/admin. Подскажите пожалуйста как это исправить? желательно без жёсткой привязки к коду. Может как-то через xml томката.

Спасибо.

Ссылка начинающаяся с / это ссылка от рута всегда, это по стандарту. У тебя 2 варианта:
1. Изменить все ссылки и убрать там / вначале - тогда ты получаешь возможность гибкого деплоймента.
2. Замапить твое приложение на / тогда оно будет открываться по адресу localhost:8080/

Первый вариант пробовал. Есть у меня форма авторизации. Там action стоит "Controller/login", без / спереди. И фигня такая что когда сабмитишь форму вместо url подставляется тот самый action.

Честно говоря, не понял что там происходит. Но для начала посмотри что там в action у form.