Организуй рекурсивный обход всего дерева каталогов. Получишь полный список всех файлов диска.
Если тебе такой контроль файловой системы для себя только нужен, я бы посоветовал какой нить файл-монитор скачать, коих навалом. 

  

Я его уже организовал(но всё равно спаисбо за помощь), сейчас думаю какую инфу о файлах собирать и как отчет составлять(блин, прямо стих!). Вот. А на счет
 
Да,Sartorius,ты прав, но:
во-первых написание этой проги не лишний опыт, во-вторых, я огда его напишу он будет своим, родным. Да и к тожу же я его смогу без проблем изменять: не понравилось - долой, хочу - будет, сделаю! 

CRC мож считать для каждого файла 
А вообще будет это долго работать , если все файлы проверять. Я бы предложил перехватить виндовую функцию  CreateFile & OpenFile (пишу по памяти могут быть ошибки) и мониторить все открываемые файлы на изменение размера , даты, CRC  да еще можно что то придумать  

для начала попытайся придерживаться вежливого тона.
из твоих слов, я делаю вывод, что критерием "работоспособности" файла для тебя является его успешный запуск вручную. отлично. руками будешь все исполняемые файлы и dll(хм) запускать? а смысл тогда программу писать?
к сведению: вирус чаще всего оставляет жертву "рабочей", и при этом вовсе не обязательно изменяет размер жертвы(но обычно таки увеличивает).


обнаруживать присутствие вируса вышеописанным тобой методом во-первых ненадежно, а во-вторых, учитывая сегодняшние объемы хардов, сильно долго.
лучше сразу отдать "флаг первенства" Касперу.


почти так и делают все антивирусные мониторы. в общих чертах - хук на CreateFile, WriteFile(в действительности ниже сидят). если открываемый файл относится к таргетам вирусов(PE,doc,xls,etc), то включается отслеживание записи - если в записываемых данных присутствует вирусный паттерн, то тревога.

ps. короче, писать не отговариваю, но намекаю на бесполезность. 
 

По поводу FindFirst/FindNext - мне opendir/readdir/vlosedir как-то больше нравятся ))

А теперь по сути проблемы - если NTFS-я - f.e. у файлов могут быть потоки (добавлено для совместимости с надкуешенными яблоками) fopen("virus.dll:1") - пишу по памяти, но где то так ). Как с этим бороться будешь ? 

Какие потоки у файлов? 

на

есть 

Romikgy, по русски объясни 

 В NTFS действительно с каждым файлом связано несколько потоков. Например file:stream1, file:stream2 и тп. Фактически вместо одного файла мы имеем сразу несколько... 

пару ссылок по потокам:
http://www.ixbt.com/storage/ntfs.html
http://www.securitylab.ru/analytics/216379.php

и гуглим 

  
Pilligrim, вот моряк. 
Ну вирус тебе спасибо скажет   

А как же скринсейверы? (.scr).

Вообще, любой файл может быть запущен, не только по расширению. (Как пример: мой брат играет в игру Lineage II C4 - там есть файл GameGuard.des - он запускается как динамическая библиотека из главного исполняемого файла, имеет типичную структуру РЕ файла).
Так делают различные программы для простейшей (и сложной) защиты от взлома.

Кроме того, нынешние вирусы могут внедряться в приложения, не изменяя их  размеров (за счет структуры PE-файлов), даты создания и даже CRC этих файлов.

Так что, поддерживаю dumb - отдайте "флаг первенства" установленному антивирусу и не занимайтесь ерундой.