Я об этом писал здесь: http://forum.vingrad.ru/index.php?showtopic=116596

(не буду засорять форум).

В такой постановке лучше писать на языке приложений (VB, JAva, Php,Perl, ...) - смотря какой Вы лучше знаете. JS неудобен для реешения этой задачи, потому что результат он выдаёт в открытую страницу, новое окно или отправляет на сервер. JScript может запоминать файл на локальный диск, но другие языки для этого приспособлены лучше. Или обратитесь к специалисту, который Вам программу напишет (типа фриланса за небольшие деньги, здесь работ минут на 20, но общение с заказчиком обычно выливается в 1-2 дня и стоит 50-100$. К примеру, Вы дописали: надо, чтобы обрабатывалось много программ. Это одно словечко может означать действительно очень много  ).

Не много программ, а много вебстраниц. Посмотри, к примеру, программу HTML optimizer.