Често говоря прочитаешь про XML - и все так шоколадно получается: универсальный инструмент для передачи текстовых данных практически любого формата - все отлично. 
НО честно говоря мне приходится иногда по работе иметь дело с чужим XML ( обычно нам присылают фирмы некоторые особо "продвинутые" свои прайсы в xml формате ). 
И вот не поверите: из 100% присланных прайсов всем стандартам ( т е видимо люди проверяли через dtd убирали всякие вредные символы и тп ... ) удовлетворяет максимум десять% ... - Всем ошибки не укажешь - вдеь так ? ( особенно если таких фирм несколько сотен - да они и не будут слушать ...). Так что приходится изобретать всякие разные костыли, различные проверялки, чекалки и прочую хренотень причем при этом эти все проверялки работают медленнее чем само парсенье xml текстов .... - вот вам и "универсальность формата". А есть еще особо одаренные личности, которые "придумывают" свой формат пктем замены одного-двух тэгов из shops.dtd ( практически всем известного ) ... Так что честно говоря я сомневаюсь что XML годен для этой цели - все таки tab-delimiter текст надежнее ( по крайней мере в случае ошибки потеряется одна строчка а не вся инфа как в случае xmlа) ....

То что ты желаешь, ХМЛ тебе в теории даёт. По идее ХМЛ -файл должен быть валиден как машинный код готовый к исполнению.
А проблемы, что ты описал - практические. Люди используют ХМЛ файлы тк, как будто они текстовые.
Мы проводили также исследовыния на стандарты в научных организациях. 15-20% данных можно только употреблять остальное (с машинной точки зрения) - мусор.
Остаётся только ждать, что для чтения/генерации ХМЛ в будущем будут только определённые инструменты и что они не дадут писать неправильно. 
А пока ХМЛ всё же - новая технология. И в сети - дикий запад. (каждый пишет что может)

Это вопрос скорее административный, чем технический. Если клиенты не хотят правильно генерировать XML, то где гарантия что они будут правильно генерировать другой формат? Предположим перейдете вы на CSV, а какой нибудь умный Вася возьмет и выкинет из него пару столбцов, которые по его мнению лишние, как тогда это дело парсить?

Я бы на вашем месте проверял бы каждый присланый XML, и в случае ошибок генерировал бы ответное письмо:


P.S. Ради эксперимента попробуй в Яндекс маркет послать кривой прайс, что они тебе скажут.

Эти люди были не из Microsoft?))
Существует World Wide Web Consortium, который довольно внятно излагает спецификацию. Делается немалый упор на строгость и однозначность XML документов, бардак в HTML многому научил разработчиков. Это подчёркивают даже такие, казалось бы, мелочи, как использование кавычек и регистра символов.
Если следовать спецификации и рекомендациям, то никаких проблем не возникает. 
В условиях глобальной сети, такая строгость просто жизненно необходима, как для эффективного распространения, так, в какой-то мере, и для облегчения жизни программистов.
Основным недостатком XML в данном случае является человеческий фактор.