Как в .NET сделать так, чтобы компилятор C# делал не сборку в IL-коде, а обычный exe-файл, независимый от CLR? Ну т.е. для C++ в .NET предусмотрен флажок 
Multi-threaded Debug (/MTd), а в свойствах проекта на C# я ничего подобного не нашел.

Competitor, компиляторов из шарпа в native-код не существует. Есть специальные утилиты, позволяющие .NET-сборку слинковать с mscorlib и др. так, что она будет запускаться без установленного .NET Framework, но размер такого экзешника получается весьма увесистым и не гарантирует 100%-й работоспособности приложения.

Competitor, совсем недавно обсуждали на форуме. Поищи. Даже линки на эти утилиты давались.

А в этом нет необходимости. Как вы думаете на каждой ли процессорной платформе будет установлена поддержка SSE3, или SSE2, или вообще MMX не будет поддерживаться? Или вы будете создавать для каждой платформы свой .exe? Еще надо вспомнить про 64-битные платформы, про Itanium, да еще про  Бог знает еще. Если сомневаетесь задайтесь вопросом, почему флаг поддержки команды cmpxchg8b указан аж в системных регистрах, описывающих сам процессор.