Вот перешел с html и java на php

у меня есть место под сайт, но не знаю пути к файлам которые я буду указывать в скрипте php

как можно узнать путь скажем к такому сайту

www.pupkin.ru

например я нахожусь в корневой папке и ниже мне не опуститься,
вижу только такие папки 
www
vcgi
pub
pcgi
vphp


и другие

так как мне узнать путь который начинается с home/и т.д.

есть ли какие команды, программы или скрипты для этой цели и где можно скачать.

В какой из описанных папок размещать сам скрипт php и какой давать ему chmod(в цифрах например 700) чтобы он выполнился?

Теперь серъезно.
Определить текущую папку на сервере ты можешь функцией getcwd() http://www.php.net/manual/ru/function.getcwd.php
Всю необходимую документацию по PHP смотри здесь http://www.php.net/manual/ru/
Описание функции chmod() - здесь http://www.php.net/manual/ru/function.chmod.php
Удач.