У FreeBSD до 7 версии были проблемы с SMP у планировщика. Впрочем, существовали некоторые патчики, позволяющие по-человечески использовать многопроцессорную систему (это что касается MySQL) и только для Intel'a. Лучше ставьте Linux, например, CentOS как советуют (хотя у нас их юзают в основном под почтовые сервера).