Поменял материнскую плату. Была VIA Apollo Pro (VIA 693A), теперь Intel A815EU, заметно стал греться процессор, при нормальных нагрузках аж до 57 градусов по цельсию, может иногда и выше. Процессор Cel900.
Менял только процессор и после замены в корпус поставил дополнительный ветилятор. Ставил и на всасывание и выдувание, особой разницы нет
Вообще-то особой проблемы тут нет, но неужели VIA лучше Intel?

Скорее термопара так отрегулирована, и в одном из вариантов твоих метере она брехала...

Может быть, на второй материнке меряется температура ядра - она намного выше, чем выдают датчики на многих материнках.

На вытяжку эффективней работают большие вентиляторы и шумят при этом меньше, чем маленькие на вдув (при проходе воздуха через рёбра радиатора или решетку). Тем более вытяжка должна быть как можно более локальной, т.е максимально приближенной к источнику тепла. если нет такой возможности, то нужно ставить на нагнетание ,чтобы разбавлять внутренний тёплый воздух более прохладным внешним. Так же внутри корпуса не должны мешать всякие кабели и шлейфы для потоков воздуха, иначе он буде застаиваться и тогда никакой кулер не поможет.
Насчёт разных показаний: действительно, на многих (%80) матерях датчик расположен на плате "внутри" сокета и меряе температуру воздуха под процессором - здесь разница с температурой ядра может доходить до 15 градусов. И лишь немногие платы (особенно интеловские, да и то не все) меряют температуру ядра. Платы для Pentium2 меряли температуру, упираясь подпружиненной термопарой либо в нижнюю часть процессора (Socket370), либо в радиатор кулера (Slot2). Здесь разница тоже очень существенна.
Единственный правильный ответ можно получить (если нет "правильного", меряющего температуру ядра сенсора) приложив (и закрепив) снизу процессора термопару и снять её сопротивление тестером, предварительно " откалибровав" её где-нибудь с шагом градусов в 5. Потом сравнить разницу с имеющимся на плате датчиком и запомнить её, а потом просто прибавлять.