Проблема!
Нужно через одну форму закачать несколько файлов. Т.е. пользователь указывает директорию, где лежат. Названия файлов известны, набор их ограничен, никаких проверок на наличие и т.п. делать не надо.
С одним файлом- то всё просто:
Формирование формы получения файла
  use CGI qw(:standard);
  sub to_page { submit(-NAME => ".State", -class=> "but", -VALUE => shift) }

sub take_f
{      print hr, h3("2. Редактирование имеющегося файла описателя:");

      print start_multipart_form( );
    print "<br><input type=file size=50 name=in_file><br>";
    print to_page("Загрузить");
    print end_form();
}

Обработчик полученного файла
  sub load_f {
        my $active = shift;
      unless ($active) {return;}
  
    print h1("Файл загружен");
        print p("Получены следующие параметры:");
    my $paste = param("in_file");
    my $date= localtime(time);
    my $time=substr($date,11,8);
    $time=~s/:/_/g;
    my $filename="D:/Results/tests/".$machine{$ENV{'REMOTE_ADDR'}}.$time."_temp.xml";

    open FI, ">".$filename;
    while(<$paste>){print FI;};
    close FI;    
    my $build_in=base_sat_cgi::from_razbor($filename);
    if ($build_in==4){sat_menu2( );}
    else {sat_menu( );}
  }

Белых решений не существует. 
Perl тут тебе ничем не поможет, а элемент "file" хорошо защищен что бы с ним можно работать через js+html
Самое простое, учи пользователей пользоваться ZIP-ом что бы закачивать не кучу файлов а всего один или учи java однажды мне попадался на глаза красивый загрузчик на нем... но это было давно и не правда ;)

Т.е. если с помощью Java, то нужно предварительно на клиента java поставить или библиотек накачать.
Просто на mail.ru при отправке письма возможно указывать несколько файлов и насколько я помню ничего на клиента не подкачивается.

Вот именно что несколько файлов. Каждый файл выбирается отдельно а не вся папка целиком.



Лучше сначала посоветуйся с профессионалами, они тебе либо все объяснят либо скажут что это и на java сделать нельзя ;)