Нужно продумать систему, с помощью которой можно было бы выносить все сообщения и ошибки, которые видит пользователь сайта, в одно место.
Например, в отдельный xml файл. С одной стороны заказчик сможет их легко исправлять и редактировать (мы снимаем с себя ответственность за грамматические ошибки), а с другой стороны будет легче поддерживать несколько языков сайта.
В .нет удобно локализовывать приложения используя файлы ресурсов, можно ли его использовать для данной задачи? Нужно ли перекомпилировать проект если файл ресурсов изменён и можно ли его изменять не в вижуал студио?

ИМХО, обычно так и делают.

Перекомпилировать не нужно. Изменять не в вижуал студии можно.