всё зависит от архитектуры. при грамотном планировании можно свести платформо-зависимый код до минимума, что убыстрит портирование и сведет на нет необходимость в сопровождениее отдельного проекта для каждой платформы.

С такими рассуждениями можно и win+linux проекты по отдельности писать.
Да, это конечно очень муторно думать прежде чем начинать кодить, очень лениво нормально проектировать и делать хорошие проекты. Но, блин, как только твой проект чуть-чуть разрастётся, или требования начнут менятся, или багов очень много выявят, или ещё что-нибудь приключится - тебе придётся переписывать заново обе версии потому что одновременно вносить изменения в обе да ещё и так, чтобы это не добавляло по десятку разных багов к каждой версии у тебя не получится.
Но если нравится заниматься всякой фигнёй, то я, в принципе, ничего против не имею.


Если требования к программе одинаковые как для десктопной версии, так и для КПК, то "вес" её будет (+-)идентичен вне зависимости от того какой путь реализации ты выберешь.