Всем спасибо за ответы о подсказки!   

Задача была решена следующим образом.

1. На хосте лежит один инсталляционный пакет, созданный при помощи innosetup.
2. Закачка реализована посредством вызова скрипта на PHP с параметром download.php?id=[число]
3. При вызове скрипта происходит обращение к файлу SETUP.EXE и выдача его содержимого в браузер (с появлением окна закачки). При этом в конец файла дописывается вот это:



4. После скачивания юзер запускает SETUP.EXE, который экстрактирует софтину и запускает экзешник, который берет из SETUP.EXE последние 4 дописанные байта (integer 32 bit) и дописывает их в конец уже установленного исполняемого файла софтины. 
5. После чего можно работать с самой программой, которая считывает из своего исполняемого кода последние 4 байта и, таким образом получает необходимое значение переменной.

 

То есть, мы имеем цепочку передачи переменной юзер (ссылка) -> СЕРВЕР-> установочный пакет -> исполняемый файл.

Все работает и никаких проблем нет. 
В таком вот аспекте.