Обьясняю ситуацию.
Есть таблица, в которую постоянно добавляются записи. ИД Ззаписей Таблицы Autoincrement. 
Периодически крон анализирует эту таблицу и удаляет проанализированные записи.

Я хочу один раз ночью сбрасывать Autoincrement, потому что записей в секунду приходит много и он переполнится не сейчас, так через пару месяцев.
Для этого я пытаюсь сделать:

1 Залочить таблицу
2 скопировать всё что в таблице во временную таблицу т2
3 Очистить Таблицу, скинуть Autoincrement
4 разлочить таблицу
5 вернуть записи из т2 назад в таблицу, но теперь их ИД уже будут сгенерены заного автоматом.

Как это можно грамотно сделать? Когда таблица залочена, стереть база мне не даёт.

Всё так, как вы описали. А автоинкремент при этом меняется следующим запросом:

Эту команду можно выполнять во время лока. Очищать командой DELETE FROM table, mysql соптимизирует её до TRUNCATE.

А что мешает использовать BIGINT и не волноваться что он когда-нибудь переполнится?