entityManager инициализируется в главном классе, и через геттер выдаеться менеджерам и сервлетам.


Да будет работать.

Похоже моя проблема. Решение предложенное tux-ом мне помогло, попробуй на своем сервере тоже самое.

Как вариант (мне не помогло), по эксепшену попытаться получить новый entityManager.

Судя по тому, что написано здесь - http://wiki.apache.org/commons/DBCP/Hibernate - использовать DBCP с Hibernate врядли возможно.

Сочетание Tomcat + MySQL + Hibernate (делающий коннект через DriverManager, а не через DataSource) вообще работоспособно?
Я имею в виду, можно ли в такой среде каким-нибудь способом гарантированно предотвратить отваливание соединения с базой по таймауту?
Настроенный DataSource в Tomcat - может быть надёжным решением?

Вот пример конфигурирования в Tomcat-е. Работает безпроблемно...

context.xml

<!-- The contents of this file will be loaded for each web application -->
<Context>
    <!-- My DataBase Connection -->
    <Resource name="jdbc/MyDB"
        type="javax.sql.DataSource"
        driverClassName="com.mysql.jdbc.Driver"
        url="jdbc:mysql://mysql.host/?autoReconnect=true"
        auth="Container" username="user" password="password"
        testOnBorrow="true" validationQuery="SELECT 1" 
        />
    ...
</Context>

web.xml

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<web-app id="WebApp_ID" version="2.4" xmlns="http://java.sun.com/xml/ns/j2ee" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://java.sun.com/xml/ns/j2ee http://java.sun.com/xml/ns/j2ee/web-app_2_...p;quot;>
    ...
    <resource-ref>
     <description>My DB Connection</description>
        <res-ref-name>jdbc/MyDB</res-ref-name>
        <res-type>javax.sql.DataSource</res-type>
        <res-auth>Container</res-auth>
    </resource-ref>
      ...
</web-app>

Это для 5.5?
В 6-м будет работать?

Да, я использую Tomcat 5.5... С 6-кой не пробовал.