А не могли бы вы результаты профайлинга XDebug'ом выложить для этого варианта, вот просто интересно, действительно ли всё это так производительность снижает... 

XDebug-ом не проверял, а так через microtime() получается, что подключить 100 файлов с маленькими функциями (около 20 строк каждая) на порядок дольше чем один файл с теми-же 100 функциями. Хотя если функции будут большие, то разница должна быть поменьше.

Каждый класс в отдельном файле, имхо удобно.

При объявляение класса, скажем
$test = new test;

автоматически инклюдится test.php, что уменьшает нагрузку на систему, классы подгружается в зависимости от необходимости

Пора переходить на Perl.  

А вообще правильно говорят, по-моему. Я уже так привык к ООП, что функция сама по себе (если она не введена в том же файле и это действительно имело смысл по какой-то причине) мне режет глаз. Я стараюсь минимум их все запихивать в пакеты (в классы тобишь) с называнием, совпадающем с названием файла. И если кому-то придётся сопровождать мой код, то это окажет ему неоценимую помощь. А так некоторые деятели понапишут голых функций и потом ищи ветра в поле. Кучу времени приходится тратить чтобы перебрать подключенные файлы и найти нужную функцию.