Типа того  . Хочу всё же на практике в этом убедиться.

ну так убеждайся. создай допустим таймер ожидания (CreateWaitableTimer, SetWaitableTimer). переведи поток в "тревожное состояние" и убедись)

C SetTimer разобрался и проверил. Всё действительно так и есть: Когда срабатывает таймер, генерируется сообщение WM_TIMER с параметрами идентификатора этого таймера и адресом функции. Когда обработчик текущего потока обнаруживает в очереди это сообщение, то вызывает callback-функцию. Если в этом потоке присутсвуют свои обработчики сообщений, не имеющие ограничений, то они тоже срабатывают. Вообщем, вопрос решён. 
Спасибо большое всем за разъяснение.

P.S.: С SetWaitableTimer щас эксперементирую. Но это уже будет отдельная тема(если опять во что-нибудь уткнусь).