Наверное буду создавать Taskи с уникальным именем в runtime, динамически, когда потребуется, потом их регистрировать. Когда отработают удалять их или пусть GC этим занимается.
В упрощенном варианте так:
создаем Task с уникальным именем Task_<idпользователя>_<idзадачи>;
web-прил. получает объект "исх.данные" выполняет загрузку данных в него;
Web-прил. выполняет запуск решателя и передачу исх.данных в контексте созданного Task;
Web прил. получает объект "результат" и отправляет его пользователю или сохраняет в БД.
Нормально нет?   

Судя по всему, вопрос риторический 

Да, но все-таки?   

Какие могут быть минусы у архитектуры не на rmi, а на web-сервисах?
Нужно обосновать выбор архитектуры)