Как через unix shell быстрей всего скопировать БД (не копированием файлов, так как БД останавливать нельзя)
mysqldump oldbase > oldbase.sql
mysql < dropnewbaseifexists.sql
mysql < createnewbase.sql
mysql newbase < oldbase.sql

В скриптах соответствующие команды.

быстрее всего иметь базу на файловой системе, понимающей snapshot. И когда надо скопировать базу, просто делаешь snapshot, и и база продолжает раюотать после этого. А ты файлы с снапшота копируешь куда надо..

Поищи в гугле mylvmbackup