yngwie19, при помощи VirtualAlloc() надо выделять только куски кратные 4Кб, иначе будет выделяться неиспользуемая память
Если массив не будет кратным 512 байт, например 500байт то прочитается как если бы он был кратен 512 байтам, 500 байт массива запишутся, а 12 прочитанных с диска байт пропадут. При следующем чтении 500байт опять считается тот кластер файла, но из него запишутся 12 байт, затем считаются следующий кластер и запишутся 488 байт

Добавлено через 1 минуту и 4 секунды
данные не потерются но быстродействие снизится раза в полтора