Пишу для дипломного проекта шифровальный модуль. Ситуация: Пользователь заходит на страничку (написана на php) с формочкой для отправки файла на файл-сервер. Можно ли сделать так, чтобы при отправке вызывался шифровальный модуль, шифровал выбранный файл, и возвращал его вызывающему, т.е. страничке php-шной? Или генерация зашифрованного файла на жестком диске, и затем его же отправка - единственное решение?

   Почему бы не сделать, так чтобы модуль сам отправлял зашифрованный файл? Да потому что он должен быть внедрён в уже готовую систему.

На жесткий диск или сетевое подключение. 

Честно сказать, не знаю, как умеет работать с запущенными процессами PHP, но в Java вы можете работать со стандартным вводом/выводом.

В графе "А здесь смотрели?" как раз моя тема по работе с std I/O

Если PHP не умеет работать с консолью запущенного процесса (что скорее всего), предлагаю такой вариант:
1. Разработать инструмент, собственно, самую ценную часть по шифровке, работающий через std I/O
2. Разработать инструмент для "сохранения в файл/выдачи через сокет" данных

Получится модульность на уровне приложений, что тоже неплохо, но не лучше, если бы вы работали через Java4Web