Уважаемые джанговоды, 
подскажите, пожалуйста, как в Django протестировать не отдельное 
приложение (./manage.py test app), а весь проект в целом (файл с тестами в корне), 
при этом находясь в тестовом джанго окружении?

Не могу сообразить как провернуть это по-грамотнее с минимумом костылей.

Джанговский проект в любом случае состоит из набора приложений. Следовательно тест "всего проекта" это тест всех его приложений. Если у вас есть что-то, что не попало в одно из приложений, то это скорей всего ошибка проектирования и этот код надо поместить в тесты приложения.