Был сделан архив базы, затем произведено обновление (конфигурация нетиповая). Через пару недель всплыла ошибка в обновленном релизе. Восстановил базу из архива (в новый каталог естественно), перенес туда документы из обновленной базы за последнее время. Все нормально, но возникла проблема - новые контрагенты (добавленные после обновления) в базе есть, но в документы не подставляются( Вместо них всегда ставится один и тот же контрагент. Что можно сделать? Заранее всем спасибо  

Видимо в той обработке, с помощью которой ты делал объединение, что-то не совсем хорошо сделано в области контрагентов.
Решения предлагаю следующие:
1. Если документов не слишком много, тогда в ручную проставь контрагентов в новых документах (чтобы наверняка)
2. Если документов много, тогда сделай выгрузку из выгружаемой базы в таблицу (mxl) следующие данные:
┌──────────────┬────────────┐
│Номер документа  │Код контрагента│
├──────────────┴────────────┤
│   .........................    │  ........................ │
├──────────────┴────────────┤
│   .........................    │  ........................ │
└──────────────┴────────────┘
а затем в той базе, куда всё загружаешь, в цикле пробегись по каждому загруженному документу и подтяни к нему контрагента с соответствующим кодом из выше представленной таблицы.

PS: естественно данный способ подойдёт если ты перенёс документы, а номера их и коды контрагентов остались одинаковыми.  Если что-то не одинаково, то данный способ не подойдёт, и в этом случае тебе придётся найти аналогичный путь с извествной логикой и подтянуть контрагентов к ним.