Вопрос скорее теоретического характера, хочу сделать завершение процесса через заданное время, например чтобы скрипт проработал ровно три часа, а затем завершился.
Хочу реализовать так - через командную строку передаю время в минутах работы программы, затем через каждый цикл выполнения запускаю функцию times(), если время больше того что было передано, то делаем exit(0).
Вот тут как раз проблема, в мануале по функции times() написано следующее:

В чем разница между пользовательским и системным временем? И какое из них использовать для завершения процесса?

вы смотрите не в ту сторону.

проще сделать через alarm.

Или alarm+свой $SIG{ALRM} который корректно выйдет, или сравнивать значения обычного time (каждые N итераций алгоритма), если нельзя завершаться в произвольный момент времени.

times() - это затраченное _процессорное_ время. User - "чистое" процессорное время приложения, system - проведённое в ядре ОС (в т.ч. ввод-вывод).