Как программно выбрать (т.е. кликнуть) на нужный узел Virtual TreeView зная указатель на него или его номер?
И как узнать количество всех нод Virtual TreeView?

Количество всех нод можно узнать пройдя с помощью GetFirst/GetNext по дереву, не забывая заходить в ноды, содержащие чайлдов, можно использовать свойства TotalCount, RootNodeCount, ChildCount. В общем, на любой вкус.

Для того, чтобы программно "кликнуть" можно в любой момент вызвать соотв. событие ноды, хотя зачем это может понадобиться, ума не приложу. Все характеристики узла (отмечен/выбран/связанные данные) можно менять не прибегая к этому, просто меняя их напрямую.

Возможно, вам поможет замечательный туториал на русском: http://quadr0.pochta.ru/VirtualTreeview/vi...reeview_pdf.zip