<xsl:for-each select="$xmlDoc[normalize-space(INPUT//text())!='']">
<!-- ... -->
</xsl:for-each>
Крутим цикл выкидывая пустые инпуты, будет работать быстрее, чем *:if внутри.

Все запятые и разделители обычно строятся таким кодом (справедливо и в *:for-each  и для *:template вызванного *:apply-templates):

до вывода
<xsl:if test="position()!=1">
    <HR />
</xsl:if>

либо после вывода
<xsl:if test="position() != last()">
    <HR />
</xsl:if>