Возможно ли запаблишить сайт в папку, содержащуюся в другом сайте? Считается ли это хорошей практикой, или всё же лучше паблишить всё сразу? Мне пришла идея в голову что было бы проще разрабатывать сайт частями и частями его аплоадить, если два сайта не особо связаны. Например, админку и сам сайт. 
Я попытался это сделать на одном хостинге, но у меня сайт в подкаталоге не запускался. Так и не узнал причину, просило указать в вебконфиге customErrors="On", я это сделал в обоих конфигах, но это не помогло.

А какую ошибку писало то   

Опа! Нужно было customErrors="Off" писать. Перепутал. Сейчас ещё раз попробую.