Мне нужно управлять LED клавиатуры.
Моргать светодиодом CapsLock в частности.
Пробовал ledcontrol, но так и не заставил его работать.
В какую сторону копать?

Если есть возможность можно было бы написать драйвер виртуального устройства. У драйвера будет доступ ко всем портам и он сможет работать с клавиатурой на прямую.
То есть создав виртуальное устройство, скажем /dev/capslock с major номером равным major номеру драйвера (список драйверов и соответствующих им номерам можно посмотреть в /proc/devices). Когда вы делаете echo  1 > /dev/capslock светодиодик загораеться, а когда echo 0 > /dev/capslock выключается.
Как написать драйвер виртуального устройства можно почитать в LDD в одной из первых глав.