Доброго времени суток. Хочу запихнуть в dll окно с архитектурой документ / вид. То есть из основной программы будет вызываться функция dll, которая должна отобразить окно (в данном случае получается не модальное). Если смотреть код, сгенерированный визардом, то получается, что нужно, чтобы в dll был класс, отнаследованный от CWinApp (так как он занимается этой архитектурой). Но нормально ли будет городить такой огород или есть другой способ?

нормально

Нет, не нормально.
Объект-наследник от CWinApp должен быть только в exe-модуле. С в DLL переносите любые другие классы. Чтобы все работало "прозрачно", нужно чтобы DLL была типа Extension. А у вас, похоже, Regular, раз там есть CWinApp. Reguler DLL требует ряд притопов и прихлопов, чтобы работать совместно с МFC-оболочкой. Имеет смысл с ней заморачиваться, только если вам нужна DLL, независимая от MFC-framework. Но у вас явно не тот случай: документ-вид не имеют смысла вне MFC-framework. Так что делайте Extension DLL.